Il est élaboré par l'équipe pédagogique (le directeur(trice) et les animateurs) qui traduit le contenu du projet éducatif en intentions plus précises, en terme d'action auprès des enfants et des jeunes. 

Le projet pédagogique comporte des objectifs pédagogiques précis qui visent un public donné, dans un temps donné. Il est régulièrement évalué et réadapté aux évolutions de la structure. Il décrit les moyens qui seront appliqués pour réaliser les ambitions décrites: le rôle de l'animateur, le fonctionnement quotidien, l'organisation du temps et des espaces, les projets proposés aux enfants...